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La historia comienza cuando el Ejército Genesect escapa de las instalaciones del Equipo Plasma con intenciones de llegar a su patria, sin embargo, debido a su mala visión y la confusión sobre su ubicación, no son capaces de distinguir las estructuras altas y objetos de los pilares de piedra de su patria, lo que con lleva a que estos desaten un caos. Sin detalle alguno el ejército de Genesect llega a la Ciudad de Nueva Tork y la batalla se desatará contraAsh, Pikachu, Iris, Axew y Cilan/Millo. Tras intentar Ash y compañia defender a los Pokémon de las Colinas Pokémon, los Genesect atacan para derribarlos cuando inesperadamente llega Mewtwo para detenerle. Mewtwo afirma que quiere proteger a los Pokémon, y se transforma en Mega Mewtwo.
