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Después de descubrir la cultura atlante, el joven Milo y la preciosa princesa Kida se han casado, reinando con justicia como hubiera querido el padre de Kida y antiguo rey de la Atlántida. Utilizando el poder del corazón de Atlantis, poco a poco, la antigua gloria de la ciudad se empieza a restaurar. Los amigos de Milo, que le acompañaron a la Atlántida en la primera película, con su antiguo mentor el señor Whitmore a la cabeza, regresan a la mítica ciudad para pedir ayuda a los atlantes. Un gigantesco kraken ha atacado las costas noruegas, atacando varios aviones de carga y pueblos costeros. Al principio se sospecha de un antiguo mecanismo de la ciudad que se ha corrompido, pero cuando comprenden que el magistrado Edgar Volgud es quien controla a la bestia, deberán impedir que siga controlándola para restaurar el orden que habían querido tener desde el principio en la Atlántida.
